夜光藻赤潮暴发时会产生大量粘性物质，这些粘性物质可能会堵塞鱼类的鳃，造成鱼类窒息死亡，因此对水产养殖危害较大；由于夜光藻是纯异养生物，不能产生氧气，在夜光藻赤潮发生时会大量消耗水体中的溶解氧，且夜光藻细胞死亡后被细菌降解时也需要消耗大量氧气，从而造成鱼类及其他水生生物缺氧死亡；同时夜光藻死亡分解过程中释放大量的铵类物质和硫化氢，对养殖生物造成不利影响，因此需警惕在网箱养殖区发生的夜光藻赤潮。
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